高质量针对性的水溶肥料相对较少，针对不同地区和作物开发的水溶肥品种可选择空间也较小。此外，由于灌溉设施企业与肥料行业沟通渠道少、理念存在差异、衔接问题多，涵江水肥一体化，导致当前二者结合程度仍较低，灌溉系统和施肥一时难以很好融合，这些都造成了水肥一体融合的困难。
水肥一体化是一项综合技术，涉及到农田灌溉、作物栽培和土壤耕作等多方面，其主要技术要领须注意以下四方面：一、首先是建立一套滴灌系统。在设计方面，水肥一体化喷灌，要根据地形、田块、单元、土壤质地、作物种植方式、水源特点等基本情况，设计管道系统的埋设深度、长度、灌区面积等。水肥一体化的灌水方式可采用管道灌溉、喷灌、微喷灌、泵加压滴灌、重力滴灌、渗灌、小管出流等。特别忌用大水漫灌，水肥一体化培训，这容易造成氮素损失，同时也降低水分利用率。二、施肥系统。在田间要设计为定量施肥，包括蓄水池和混肥池的位置、容量、出口、施肥管道、分配器阀门、水泵肥泵等。
技术不配套，缺少高效运行的社会化服务体系。目前绝大多数地区还没有专业的部门提供水肥一体化知识培训和技术指导服务，掌握水肥一体化技术的人才也十分缺乏，水肥一体化的技术相关的社会化服务体系尚未建立，不同机构、部门和企业服务内容较为单一，水肥一体化机器，缺乏系统性整合，与施肥质量密切的水溶肥料产品也因为标准不严谨，导致各种品牌肥料鱼龙混杂，市场混乱，
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