与常规施肥方法相比，通过灌溉系统施肥有以下优点：（1）节省施肥劳力，特别对蔬菜和大棚内栽植的作物尤为明显。在果树的生产中，水肥管理耗费大量的人工。如华南的香蕉生产有些产地的年施肥次数达18次之多。每次施肥要挖穴或开浅沟，水肥一体化，施肥后要灌水。利用设施灌溉施肥后水肥同步管理，水肥一体化灌溉，节省大量劳力。作者在深圳西丽果场（主要种植荔枝）调查发现，采用滴灌施肥后，水肥一体化技术，可节省施肥及灌溉的人工95％以上。现在劳动力价格越来越高，应用灌溉施肥技术可以显著节省生产成本。
技术不配套，缺少高效运行的社会化服务体系。目前绝大多数地区还没有专业的部门提供水肥一体化知识培训和技术指导服务，掌握水肥一体化技术的人才也十分缺乏，水肥一体化的技术相关的社会化服务体系尚未建立，不同机构、部门和企业服务内容较为单一，缺乏系统性整合，与施肥质量密切的水溶肥料产品也因为标准不严谨，导致各种品牌肥料鱼龙混杂，吉安水肥一体化，市场混乱，
对水肥一体化的认识不足，研究不够。采用大水漫灌是中国农民成百上千年来的传统，灌水不用付费或水费很低，导致灌溉用水随意，广大农民节水省水意识淡薄，发展节水灌溉设施投入积极性不高，阻碍了以灌溉设施为主要依托的水肥一体化技术推广应用。
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