对水肥一体化的认识不足，研究不够。采用大水漫灌是中国农民成百上千年来的传统，灌水不用付费或水费很低，导致灌溉用水随意，广大农民节水省水意识淡薄，莆田水肥一体化，发展节水灌溉设施投入积极性不高，阻碍了以灌溉设施为主要依托的水肥一体化技术推广应用。
水肥一体化技术的局限性尽管技术成熟，水肥一体化培训，有上述诸多优点，但该技术是一种设施灌溉和施肥，需要购买必须的设备。其最大局限性主要是一次性投资较大。根据近几年的灌溉设备和施肥设备市场价格估计，大田采用滴灌施肥一般每亩设备投资在600～1500元，而温室灌溉施肥的投资比大田高。投资大小与众多因素有关。产品质量是价格的主要确定因素。除投资外，水肥一体化，水肥一体化技术对管理有一定要求，管理不善，容易导致滴头堵塞。如磷酸盐类化肥，在适宜的pH值条件下易在管内产生沉淀，使系统出现堵塞现象。用于灌溉的肥料对溶解度有较高要求。磷肥由于在土壤中移动性差，有人建议不通过灌溉系统施用磷肥（基质栽培除外）。采用滴灌时通常只湿润部分土壤，根系的生长可能只局限在灌水器的湿润区，有可能造成限根效应，造成植株矮小。这在干旱半干旱地区只依赖滴灌供水的地区可能会出现这种情况。但在华南地区有较丰富的降水，设施灌溉并不是水分的唯一来源，水肥一体化管理，在此情况下基本不存在限根效应。
尽管在推广上尚存在诸多困难，但有条件地区，如都市农业区可全面推行应先行先试，探索模式、方法和长效机制，为更大范围的普及推广积累经验。以北京市为例，伴随着北京城市快速发展，水资源短缺已经成为北京发展的较大瓶颈。北京市从1999年以来连续经历枯水
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