对水肥一体化的认识不足，研究不够。采用大水漫灌是中国农民成百上千年来的传统，灌水不用付费或水费很低，导致灌溉用水随意，广大农民节水省水意识淡薄，发展节水灌溉设施投入积极性不高，阻碍了以灌溉设施为主要依托的水肥一体化技术推广应用。
合理养分管理。选择溶解度高、溶解速度较快、腐蚀性小、与灌溉水相互作用小的肥料。不同肥料搭配使用，应充分考虑肥料品种之间相容性，水肥一体化，避免相互作用产生沉淀或拮抗作用。混合后会产生沉淀的肥料要单独施用。推广应用水肥一体技术，优先施用能满足农作物不同生育期养分需求的水溶复合肥料。按照农作物目标产量、需肥规律、土壤养分含量和灌溉特点制定施肥制度。一般按目标产量和单位产量养分吸收量，计算农作物所需氮、磷、钾等养分吸收量；根据土壤养分、有机肥养分供应和在水肥一体化技术下肥料利用率计算总施肥量；根据作物不同生育期需肥规律，确定施肥次数、施肥时间和每次施肥量。
从对肥料浓度的控制条件看，通过灌溉系统施肥可以按下面两种方式进行。1、按数量施肥 施肥时只考虑每次施入的肥料总量。如对大田作物要求每亩施多少公斤肥料，厦门水肥一体化，对木本果树来讲每株施多少公斤肥料。在施肥过程中，随时间延长，被灌溉水带走的肥料浓度越来越小，水肥一体化设备，最后趋于零，这种施肥方法称为按数量施肥。传统的肥料撒施即是按数量施肥。绝大部分田间作物都是按数量施肥。2、按比例施肥（固定浓度施肥） 既考虑施肥数量同时又考虑施肥浓度，要求施肥时养分浓度是均匀一致的。这种施肥方法称为按比例施肥。
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