水肥一体化技术的局限性尽管技术成熟，有上述诸多优点，但该技术是一种设施灌溉和施肥，需要购买必须的设备。其最大局限性主要是一次性投资较大。根据近几年的灌溉设备和施肥设备市场价格估计，微灌水肥一体化，大田采用滴灌施肥一般每亩设备投资在600～1500元，而温室灌溉施肥的投资比大田高。投资大小与众多因素有关。产品质量是价格的主要确定因素。除投资外，水肥一体化管理，水肥一体化技术对管理有一定要求，管理不善，容易导致滴头堵塞。如磷酸盐类化肥，新余水肥一体化，在适宜的pH值条件下易在管内产生沉淀，使系统出现堵塞现象。用于灌溉的肥料对溶解度有较高要求。磷肥由于在土壤中移动性差，有人建议不通过灌溉系统施用磷肥（基质栽培除外）。采用滴灌时通常只湿润部分土壤，根系的生长可能只局限在灌水器的湿润区，有可能造成限根效应，造成植株矮小。这在干旱半干旱地区只依赖滴灌供水的地区可能会出现这种情况。但在华南地区有较丰富的降水，设施灌溉并不是水分的唯一来源，在此情况下基本不存在限根效应。
滴灌施肥系统的价格是如何构成的？
滴灌施肥系统的造价主要由设计费、设备材料费、安装费等三部分组成。具体价格取决于地形条件、高差、种植密度、土壤条件、水源条件、交通状况、施肥设备类型、系统自动化程度、材料型号规格、系统使用寿命、技术服务等级等因素。因此滴灌系统不存在一个统一的价格。根据国内的实际情况，目前滴灌系统的价格在每亩400~1500元间变化。不管价格如何，其基本功能都是一致的，即均匀出水和均匀施肥。
对水肥一体化的认识不足，研究不够。采用大水漫灌是中国农民成百上千年来的传统，灌水不用付费或水费很低，导致灌溉用水随意，广大农民节水省水意识淡薄，发展节水灌溉设施投入积极性不高，阻碍了以灌溉设施为主要依托的水肥一体化技术推广应用。
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