同时，水肥一体化技术可以防止耕地土壤质量退化。过量施用化肥往往造成土壤板结，同时由于过量养分不断在耕层富集，容易导致土壤盐渍化，怀化水肥一体化，造成土壤质量不断退化。而水肥一体化技术由于提高了肥料利用效率，可以降低化肥使用，能有效避免土壤退化，水肥一体化管理，有效改变土壤生态环境，有利于土壤健康。
据华南农业大学张承林教授研究，灌溉施肥体系比常规施肥节省肥料50%~70%；同时，大大降低了设施蔬菜和果园中因过量施肥而造成的水体污染问题。由于水肥一体化技术通过人为定量调控，满足作物在关健生育期“吃饱喝足”的需要，杜绝了任何缺素症状，因而在生产上可达到作物的产量和品质均良好的目标。
尽管在推广上尚存在诸多困难，水肥一体化灌溉，但有条件地区，水肥一体化灌溉系统，如都市农业区可全面推行应先行先试，探索模式、方法和长效机制，为更大范围的普及推广积累经验。以北京市为例，伴随着北京城市快速发展，水资源短缺已经成为北京发展的较大瓶颈。北京市从1999年以来连续经历枯水
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