高质量针对性的水溶肥料相对较少，针对不同地区和作物开发的水溶肥品种可选择空间也较小。此外，由于灌溉设施企业与肥料行业沟通渠道少、理念存在差异、衔接问题多，水肥一体化标准，导致当前二者结合程度仍较低，灌溉系统和施肥一时难以很好融合，这些都造成了水肥一体融合的困难。
采用滴灌施肥方法可使作物在边际土壤条件下正常生长。如沙地或沙丘，水肥一体化灌溉，因持水能力很差，水分几乎没有横向扩散，传统的浇水容易深层渗漏，水肥管理是个大问题，通常作物很难正常生长。采用滴灌施肥技术后，水肥一体化管理，可保证作物在这些条件下正常生长。国外已有利用先进的滴灌技术配套滴灌施肥开发沙漠，进行商品化作物栽培的成功经验。以色列在南部沙漠地带广泛应用滴灌施肥技术生产甜椒、番茄、花卉等，成为冬季欧洲著名的“菜篮子”基地。如目前南方城市郊区采石场的复绿，要在悬崖峭壁上灌水施肥用传统办法非常困难，但采用滴灌施肥技术可解决这一问题。
此外，该技术有利于面源污染控制，发展清洁生产。由于水肥一体化技术应用可以实现肥料利用效率的提高，因此可以减轻甚至避免农业施肥对土壤、水体面源污染的风险，同时，涟源水肥一体化，由于水肥的合理使用可以减少病虫害的发生，减少农药使用，提高农产品生产安全水平和农业生态水平，减轻农药残留对环境污染和对人体的危害。
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