此外，该技术有利于面源污染控制，发展清洁生产。由于水肥一体化技术应用可以实现肥料利用效率的提高，因此可以减轻甚至避免农业施肥对土壤、水体面源污染的风险，同时，由于水肥的合理使用可以减少病虫害的发生，减少农药使用，提高农产品生产安全水平和农业生态水平，减轻农药残留对环境污染和对人体的危害。
水肥一体化技术的局限性尽管技术成熟，有上述诸多优点，但该技术是一种设施灌溉和施肥，需要购买必须的设备。其最大局限性主要是一次性投资较大。根据近几年的灌溉设备和施肥设备市场价格估计，大田采用滴灌施肥一般每亩设备投资在600～1500元，而温室灌溉施肥的投资比大田高。投资大小与众多因素有关。产品质量是价格的主要确定因素。除投资外，水肥一体化技术对管理有一定要求，管理不善，容易导致滴头堵塞。如磷酸盐类化肥，在适宜的pH值条件下易在管内产生沉淀，使系统出现堵塞现象。用于灌溉的肥料对溶解度有较高要求。磷肥由于在土壤中移动性差，有人建议不通过灌溉系统施用磷肥（基质栽培除外）。采用滴灌时通常只湿润部分土壤，根系的生长可能只局限在灌水器的湿润区，有可能造成限根效应，造成植株矮小。这在干旱半干旱地区只依赖滴灌供水的地区可能会出现这种情况。但在华南地区有较丰富的降水，设施灌溉并不是水分的唯一来源，在此情况下基本不存在限根效应。
可灵活、方便、准确地控制施肥数量和时间，可根据作物营养规律有针对性施肥，做到缺什么补什么，实现精确施肥。例如果树在抽梢期，主要需要氮；在幼果期，需要氮磷钾等多种养分；在果实发育后期，钾的需求增加。可以根据作物的养分特点，研制各个时期的配方，为作物提供完全营养。根据灌溉的流量和时间，水肥一体化机器，可以准确计算每株树或单位面积所用的肥料数量。施肥及时，养分吸收快速。对于集约化管理的农场或果园，可以在很短时间内完成施肥任务，作物生长速率均匀一致，水肥一体化管理，有利于合理安排田间作业。作者对深圳西丽果场的荔枝滴灌施肥时间调查表明，汨罗水肥一体化，780亩荔枝采用滴灌施肥1人24小时可完成，而以往人工操作情况下需32人1个星期完成。有利于应用微量元素。金属微量元素通常应用螯合态，价格较贵，而通过微灌系统可以做到精确供应，水肥一体化实施方案，用量少，提高肥料利用率，降低施用成本。
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