合理养分管理。选择溶解度高、溶解速度较快、腐蚀性小、与灌溉水相互作用小的肥料。不同肥料搭配使用，应充分考虑肥料品种之间相容性，避免相互作用产生沉淀或拮抗作用。混合后会产生沉淀的肥料要单独施用。推广应用水肥一体技术，优先施用能满足农作物不同生育期养分需求的水溶复合肥料。按照农作物目标产量、需肥规律、土壤养分含量和灌溉特点制定施肥制度。一般按目标产量和单位产量养分吸收量，水肥一体化，计算农作物所需氮、磷、钾等养分吸收量；根据土壤养分、有机肥养分供应和在水肥一体化技术下肥料利用率计算总施肥量；根据作物不同生育期需肥规律，确定施肥次数、施肥时间和每次施肥量。
同时，水肥一体化技术可以防止耕地土壤质量退化。过量施用化肥往往造成土壤板结，同时由于过量养分不断在耕层富集，容易导致土壤盐渍化，造成土壤质量不断退化。而水肥一体化技术由于提高了肥料利用效率，可以降低化肥使用，能有效避免土壤退化，有效改变土壤生态环境，有利于土壤健康。
水肥一体化技术的局限性尽管技术成熟，有上述诸多优点，瑞金水肥一体化，但该技术是一种设施灌溉和施肥，需要购买必须的设备。其最大局限性主要是一次性投资较大。根据近几年的灌溉设备和施肥设备市场价格估计，大田采用滴灌施肥一般每亩设备投资在600～1500元，而温室灌溉施肥的投资比大田高。投资大小与众多因素有关。产品质量是价格的主要确定因素。除投资外，水肥一体化技术对管理有一定要求，管理不善，容易导致滴头堵塞。如磷酸盐类化肥，在适宜的pH值条件下易在管内产生沉淀，水肥一体化管理，使系统出现堵塞现象。用于灌溉的肥料对溶解度有较高要求。磷肥由于在土壤中移动性差，有人建议不通过灌溉系统施用磷肥（基质栽培除外）。采用滴灌时通常只湿润部分土壤，根系的生长可能只局限在灌水器的湿润区，有可能造成限根效应，造成植株矮小。这在干旱半干旱地区只依赖滴灌供水的地区可能会出现这种情况。但在华南地区有较丰富的降水，设施灌溉并不是水分的唯一来源，在此情况下基本不存在限根效应。
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