淤堵是渗灌所面临的一大难题，y型过滤器，包括泥沙堵塞和生物堵塞。美国的渗灌管是通过特殊的配方和生产工艺而制造的，包括发泡、抗紫外线和防虫咬等专利技术。目前，我国还没有完全掌握生产渗灌管的关键技术，一旦发生堵塞清洗和维修十分困难。另外，它的管道埋设于地下，水肥可能流入作物根系达不到的土壤层，造成水肥的浪费。所以，目前渗灌的大面积推广应用受到一定限制。
盲目追求低造价降低了滴灌工程应有的功能和质量。 在各种节水灌溉工程造价中，滴灌的造价在绝大多数情况下无疑都是较高的。尽管最近几年随着滴灌管国产化步骤加快，建宁过滤器，滴灌亩造价也降至500元左右，但比起其它灌溉技术仍嫌较高。由于农村用户独立承担滴灌工程投资的意识淡薄，政府扶持资金有限，加上地方政府配套资金有的不到位，造成滴灌工程资金普遍不足，许多地方出现了盲目追求低造价的势头。一方面，各种原材料在连续涨价，另一方面业主又在拼命压低工程造价，全自动过滤器，其结果只能是简化滴灌系统配置、选用低等级管道、施工质量下降，造成系统功能不全，管网三天两头维修。难怪有人称“现在的滴灌项目招标就是一场低价大战”。
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