尽管在推广上尚存在诸多困难，但有条件地区，如都市农业区可全面推行应先行先试，探索模式、方法和长效机制，为更大范围的普及推广积累经验。以北京市为例，伴随着北京城市快速发展，水资源短缺已经成为北京发展的较大瓶颈。北京市从1999年以来连续经历枯水
高标准建设的滴灌系统造价在1000元/亩左右，设计寿命为10年，水肥一体化技术，折合每年成本为100元/亩。安装滴灌后，一方面可以节省肥料开支，按省肥30%计算，水肥一体化灌溉，每年可节约开支30—50元/亩；另一方面可以增加产量和品质，水肥一体化，从而增加收入，以增收10%计算，每年可增收120—800元/亩，这还没有考虑到节工和保障丰产等隐性的价值。可见，果树安装滴灌是十分划算的，我们不能因为滴灌一次性的投资大，不考虑综合成本与效益而主观认为不经济。
由于微灌系统对压力的要求较低，能够比较大限度的节约能源。以面积100亩的柑橘园滴灌系统为例，每年用电量约1200度，以现行电价计算，费用为732元，每亩能源投入只需7.32元。滴灌是最节能的灌溉及施肥方式。
示范推广力度不够，总体投资不足。根据报道2010年中国化肥年度销售金额在5000亿元以上，其中水溶性肥料的市场规模仅为300亿元左右。与传统大水漫灌比，仓山水肥一体化，水肥一体化技术虽然经济实惠，但初始投资太大，一般农民和生产企业实在用不起，零散发展，工程建设困难，因此这一领域的投资必须依靠政府投入。但是地方财政资金不足，而中央财政资金落实困难，使国内水肥一体化技术发展应用一直无法获得突破性发展。
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