此外，水肥一体化实施方案，该技术有利于面源污染控制，发展清洁生产。由于水肥一体化技术应用可以实现肥料利用效率的提高，因此可以减轻甚至避免农业施肥对土壤、水体面源污染的风险，同时，由于水肥的合理使用可以减少病虫害的发生，减少农药使用，提高农产品生产安全水平和农业生态水平，减轻农药残留对环境污染和对人体的危害。
当前水肥一体化技术已经由过去局部试验示范发展为大面积推广应用，微灌水肥一体化，辐射范围由华北地区扩大到西北干旱区、东北寒温带和华南亚热带地区，覆盖了设施栽培、无土栽培、果树栽培，水肥一体化，以及蔬菜、花卉、苗木、大田经济作物等多种栽培模式和作物。在经济发达地区，水肥一体化技术水平日益提高，涌现了一批设备配置精良、并实现了专家系统智能自动控制的大型示范工程。部分地区因地制宜实施的山区重力滴灌施肥、瓜类栽培吊瓶滴灌施肥、华南地区利用灌溉注入有机液肥等技术形式使水肥一体化技术日趋丰富和完善。 目前我国的水肥一体化技术主要在一些经济价值较高的作物上应用。如新疆的棉花膜下滴灌施肥技术已作为棉花生产的标准技术得到大面积推广，技术处于世界领先水平，目前的应用面积近700万亩。除在棉花上大面积应用外，目前已推广到加工番茄、色素菊、辣椒、玉米、蔬菜、瓜类、花卉、果树、烤烟等作物。温室的蔬菜花卉生产中，也广泛采用滴灌施肥技术。果树是经济价值较高的作物，也是国外应用该技术面积最大的作物。我国水果种类多，面积大，水果生产已成为一些地方的经济支柱。农民迫切需要节水、节肥、省工的现代生产技术。
据华南农业大学张承林教授研究，灌溉施肥体系比常规施肥节省肥料50%~70%；同时，大大降低了设施蔬菜和果园中因过量施肥而造成的水体污染问题。由于水肥一体化技术通过人为定量调控，满足作物在关健生育期“吃饱喝足”的需要，杜绝了任何缺素症状，因而在生产上可达到作物的产量和品质均良好的目标。
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