水肥一体化是一项综合技术，涉及到农田灌溉、作物栽培和土壤耕作等多方面，其主要技术要领须注意以下四方面：一、首先是建立一套滴灌系统。在设计方面，要根据地形、田块、单元、土壤质地、作物种植方式、水源特点等基本情况，设计管道系统的埋设深度、长度、灌区面积等。水肥一体化的灌水方式可采用管道灌溉、喷灌、微喷灌、泵加压滴灌、重力滴灌、渗灌、小管出流等。特别忌用大水漫灌，这容易造成氮素损失，水肥一体化灌溉，同时也降低水分利用率。二、施肥系统。在田间要设计为定量施肥，包括蓄水池和混肥池的位置、容量、出口、施肥管道、分配器阀门、水泵肥泵等。
示范推广力度不够，总体投资不足。根据报道2010年中国化肥年度销售金额在5000亿元以上，水肥一体化机器，其中水溶性肥料的市场规模仅为300亿元左右。与传统大水漫灌比，水肥一体化技术虽然经济实惠，但初始投资太大，一般农民和生产企业实在用不起，零散发展，工程建设困难，泰宁水肥一体化，因此这一领域的投资必须依靠政府投入。但是地方财政资金不足，而中央财政资金落实困难，水肥一体化技术，使国内水肥一体化技术发展应用一直无法获得突破性发展。
高质量针对性的水溶肥料相对较少，针对不同地区和作物开发的水溶肥品种可选择空间也较小。此外，由于灌溉设施企业与肥料行业沟通渠道少、理念存在差异、衔接问题多，导致当前二者结合程度仍较低，灌溉系统和施肥一时难以很好融合，这些都造成了水肥一体融合的困难。
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